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精准医学:人类医学的一轮革命— Quantitative Biology 推出精准医学专刊

2017-12-26 08:41:53 来源:新 责任编辑: 字体:

原题目:精准医学:人类医学的一轮革命— <<Quantitative Biology>>推出精准医学专刊

[导读]

近年来,精准医学受到广泛关注,为了集中体现精准医学发展的脉络和前沿的进展,<<QuantitativeBiology>>特推出精准医学专刊,从多个层面进行了展现,手机屏幕碎了,别急着花钱换屏,简略一招教你15分钟修复!。专刊特殊编辑为来自美国埃默里大学(Emory University)的Zhaohui S. Qin博士。

2011年,美国科学院、工程院和国破卫生研究院以及美国科学委员会独特发出了“迈向精准医学”的倡导,2015年,时任美国总统奥巴马提出了“精准医学”规划,呐喊增添医学研究经费,推进个体化研讨,根据个人基因信息为癌症跟其余疾病患者制订个性化医疗计划。

我国也从“十一五”就开端在863打算等布局了精准医学方向,而跟着我国在基因测序、大数据、分子生物学等学科上风的树立,从大数据到人工智能 Teradata这样推进数据剖析演进,我国精准医学也迎来了蓬勃的活力。

华大基因CEO 尹烨曾经表现,“将来医疗新经济的发展,将变成以精准医学为主导的状况。诞生缺点、肿瘤、沾染等致逝世疾病都可以通过精准的防控,从源头处打消。可以说,未来在以防备为主的医疗系统中,精准医学会对全部行业起到助推作用。

不外精准医学领域还有良多未解之谜、技术难关需要逾越和解决。在临床中终极运用精准医学,尤其是需要一系列包含信息学和数据分析的方案。在这一期的<<Quantitative Biology>>杂志中,专一精准医学的统计分析方法、信息学方法、以及转化医学中的算法问题等。

来自维恩州立大学的Dongxiao Zhu等人聚焦精准医学中的转录组研究,文章详细的综述了精准医学背景下,转录组拼接的根本概念和进展以及相关的策略,是不可多得的综述。

最初的精准医学研究重要是依附DNAseq技巧解析个体的遗传差别。利用相应的遗传信息可以实现有效的疾病分类和疾病诊疗。不同于基因组的方法,RNAseq技术供给更加广泛的多样的信息。而因为可变剪切和RNA编纂等,不同于DNAseq,须要新的技术手腕和方法进行数据分析。在这篇综述中,他们具体的剖析了从头拼接、参考基因组拼接以及从头和参考基因组组合方法进行分析。

图:从头拼接的策略。(图片节选自原文)

Dongxiao等人详解了各个算法的基础原理,在从头拼接中使用的De Bruijn方法等的详细细节、原理以及潜在的问题。并且基于相应原理开发的Trinity等软件包的原理内容等。

图:有参考基因组的转录组拼接办法

整整11页的详尽先容,是转录组拼接范畴浅易易懂、深刻浅出的优良综述。

随机森林普遍的利用于分类问题,然而过多的特征则很大的限度了随机森林的应用,耶鲁大学有名迷信家Hongyu Zhao在本期中提出新的随机森林算法解决相应问题。不同于在随机森林的每个节点等概率进行采样,通过应用“随机变量主要性评分”从而抉择不同的特点,这种方式能够有效地改良猜测的正确性。

在应用层面,Zheng和He等人则基于语义的研究,预测了黄热病疫苗免疫反映的工作。Chen等人利用CapSeq技术断定了转录起始位点,马云、任正非、刘强东眼中的HR8项尺度,你做到了多少点?,尤其是鉴定了一类特别的premiRNA,这些miRNA 5′端有相应的帽子,可以直接通过转录天生。在药物开发上,Vasudevaraja等人利用基因彼此作用开发了相应的靶点药物取舍方法。而Malik和Zhao等人则基于发掘的方法开发新的marker,并且应用到了AML和前列腺癌等方面。Cao等人则使用生物信息学手段比拟了畸形组织和癌症细胞转录的差异。

停止语:

由清华大学张奇伟教学和北京大学汤超传授作为主编的<<QuantitativeBiology>>杂志,专注生物信息学、盘算生物学、体系生物学、合成生物学领域,由海内外相干领域著名科学家组成编委,见证中国精准医学等领域的茁壮成长!

2013年创刊,季刊,寰球发行,Free Access出版模式。目前被Scopus, ChemicalAbstracts Service (CAS), Google Scholar,OCLC, Summon by ProQuest,CSCD(中国科学引文数据库)中心库等收录。

附专辑文章列表:

1.Editorial

Special collection of bioinformatics in the era of precision medicine

Zhaohui S. QinPages 277279

DownloadPDF (53KB)

2.Review

Tranome assembly strategies for precision medicine

Lu Wang, Lipi Acharya, Changxin Bai, Dongxiao ZhuPages 280290

DownloadPDF (1385KB)

3.Research Article

The Ontology of Biological and Clinical Statistics (OBCS)basedstatistical method standardization and metaanalysis of host responses to yellowfever vaccines

Jie Zheng, Huan Li, Qingzhi Liu, Yongqun HePages 291301

DownloadPDF (2601KB)

4.Research Article

Towards integrated oncogenic marker recognition through mutualinformationbased statistically significant feature extraction: an associationrule mining based study on cancer expression and methylation profiles

Saurav Mallik, Zhongming ZhaoPages 302327

DownloadPDF (1608KB)

5.Research Article

Tranion regulation by DNA methylation under stressful conditions inhuman cancer

Sha Cao, Yi Zhou, Yue Wu, Tianci Song, Burair Alsaihati, Ying XuPages 328337

DownloadPDF (580KB)

6.Research Article

Variable importanceweightedrandom forests

Yiyi Liu, Hongyu ZhaoPages 338351

Download PDF (3404KB)

7.Research Article

Capseq reveals complicated miRNA tranional mechanisms in C.elegans and mouse

Jiao Chen, Dongxiao Zhu, Yanni SunPages 352367

DownloadPDF (2073KB)

8.Research Note

On the use of kernel machines for Mendelian randomization

Weiming Zhang, Debashis GhoshPages 368379

DownloadPDF (250KB)

9.Methodology Article

PMTDS: a computational method based on genetic interaction networks forPrecision Medicine TargetDrug Selection in cancer

VarshiniVasudevaraja, Jamie Renbarger, Ridhhi GirishShah…Pages 380394

DownloadPDF (2173KB)

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